[硕士论文] 利用10个微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性及遗传结构分析 [复制链接]

资料简介：
硕士论文-利用10个微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性及遗传结构分析，共76页，39574字

摘要

鲁西黄牛、渤海黑牛和日本和牛是比较优秀的肉牛品种，其划分是以其分布的地理

位置、祖先和形态学特征等为依据的。通过杂交育种选育的布莱凯特肉牛新种质，因其

牛肉品质达到 A3 级而得到广泛的关注。通过长时间的培育和选育，布莱凯特肉牛的育

种资料已经积累很多，但新种质在分子水平上的的遗传多样性组成尚不清楚。

分子标记技术为直接从 DNA 水平上认识生物个体遗传差异提供了强有力的工具，

尤其是微卫星 DNA 分子标记技术，具有多态性检出率高、信息含量大、实验操作简单、

结果稳定可靠等优点，已经成为种群遗传学研究中被广泛应用的分子遗传标记。

本研究利用微卫星标记方法从分子水平分析布莱凯特肉牛与其它 3 个肉牛品种的遗

传差异，为品种鉴定、评价品种特征和市场定位提供重要依据。主要进行了三方面的工

作，一 简单筛选用于鉴定 4 个品种的微卫星标记；二 对 4 个肉牛品种进行遗传多样性

和遗传距离分析；三 克隆布莱凯特肉牛 3 个微卫星座位及序列分析。主要研究结果如

下：

4 个肉牛品种的 10 个微卫星位点共检测到 58 个等位基因，等位基因从 4（BM1818）

到 8 个（ETH225 和 TGLA53）不等，平均等位基因数为 5.8 个。有效等位基因数为

2.5417～3.5849 个，平均为 2.9581；观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围

分别为 0.2270～0.5459、0.6082～0.7230 和 0.5482～0.6791，平均值分别为 0.4341、0.6594

和 0.6135，这些结果表明 10 个检测位点均属高度多态性位点。根据 p 值，大多数位点

不同程度偏离 Hardy-Weinberg 平衡（p＜0.1），只有布莱凯特肉牛的 HEL5 和 ETH152

位点及日本黑牛的 TGLA122 位点符合 Hardy-Weinberg 平衡（p＞0.1）。群体间基因分化

系数 Fst 平均为 0.3449，说明群体间遗传分化明显，有 34.49% 的遗传分化来自群体间

的变异。将这 4 个品种以 Nei 氏遗传距离（DA）构建 UPGMA 系统进化树，聚类结果分

析表明，渤海黑牛与鲁西黄牛聚为一类，布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。克隆布莱

凯特肉牛 3 个微卫星座位共获得 10 个克隆片段，其序列已被 GenBank 接受，登录号分

别为 GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、

GQ368903、GQ368904 和 GQ368905。

关键词：布莱凯特肉牛；遗传多样性；微卫星；克隆

目录

中文摘要.............….......................i

Abstract.......…....ii

英文缩写词表.....iii

文献综述.....…......1

1 4 个肉牛品种简介及特点..……..………………...1

2 微卫星....………………..…........3

2.1 微卫星简介……………......……………….…...3

2.1.1 分布特点…………….....……….………........4

2.1.2 微卫星分类....……………....4

2.1.3 突变发生及影响因素.....…...4

2.1.4 微卫星的优点....……………4

2.1.5 微卫星 DNA 标记原理...……………….……6

2.1.6 微卫星组成....……….…..…6

2.1.7 微卫星的检测....……....…...6

2.2 微卫星分析的一般流程...………….……….....7

2.2.1 序列获得...……………….……......…………7

2.2.2 引物设计.....…...…...………7

2.2.3 PCR 扩增....……..……....…8

2.2.4 PCR 产物检测....……..........8

2.2.5 数据分析....….…....….….....8

2.3 微卫星 DNA 标记技术在家畜育种中...……....8

3 PCR-SSLP 技术概述...……….…………….......14

第一部分：4 个肉牛品种的遗传多样性和亲缘关系分析..……….16

1 材料与方法..…………...……....16

1.1 试验动物..…....…..……….…16

1.2 试验仪器...…………..………16

1.3 主要分子生物学软件....….....17

2 试验方法....…………..…..……17

2.1 提取DNA 的过程和原理.……...………………...…………......17

2.2 微卫星引物来源及序列...…………...….…….19

2.3 PCR 反应体系及条件...………………..….….20

2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳...…………...…….…….21

2.5 凝胶银染检测..……....……...22

2.6 统计分析....…....….………....22

2.6.1 基因频率和基因型频率的计算.……....……23

2.6.2 有效等位基因数...……….…...…………......23

2.6.3 多态信息含量...………………....…………..23

2.6.4 遗传杂合度...……………....……..…………24

3 结果与分析.....……...…………24

4 讨论...……………….…………...……………….31

4.1 微卫星位点的多态性分析.....31

4.2 四个肉牛品种群体间的遗传分化..…………...…………….….31

4.3 哈代—温伯格平衡...…………….…………....32

4.4 三个肉牛群体的系统发生关系...………….....32

第二部分：布莱凯特肉牛 3 个微卫星座位的克隆与序列分析...…34

1 材料与方法..……..…………...………………....34

1.1 供试牛群及基因组....………………...……….34

1.2 试验试剂及药品..………………..…...….……34

1.3 溶液及其配制...……………….……...……….34

1.4 微卫星引物来源及序列...………………....….35

2 试验方法...…………….…....…35

2.1 肉牛基因组 DNA 的提取.....35

2.2 肉牛 DNA 的 PCR 扩增...…………...….......35

2.3 PCR 扩增产物的检测与分析...………..…….36

2.4 感受态细胞的制作....………36

2.5 目的片段的回收....…………36

2.6 PCR 产物与T 载体的连接...…………….......37

2.7 转化与重组质粒鉴定...………...………….…37

2.8 PCR扩增产物的检测克隆测序..………………..………….…..38

3 结果与分析..……………..………………..……...………………38

3.1 微卫星DNA 杂合子克隆质粒的鉴定结果..……….…..……...38

3.2 微卫星位点等位基因序列及其同源性比较.……………….……...……………39

4 讨论..……………….....………42

4.1 目的基因的转化和克隆操作...………………42

4.2 测序结果分析...………………...…………….43

结论....…………...………………44

参考文献....……………...……....45

附录....………………...………....48

致谢........……....63

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