[硕士论文] 中国四个家驴品种遗传多样性及分子系统进化研究 [复制链接]

资料简介：
硕士论文-中国四个家驴品种遗传多样性及分子系统进化研究，共69页，42820字

摘 要

本研究从山东省滨州市无棣县、甘肃省张掖市高台县、内蒙古自治区赤峰市、云南

省大理白族自治州和玉溪市澄江县等地区采集了德州驴（DZ，75只）、凉州驴（LZ，

49只）、华北驴（MG，30只）、西南驴(YN，55只)四个中国家驴品种的样本。

参考NCBI上公布的家驴的线粒体基因组序列，自行设计十对引物进行扩增，基于

PCR-SSCP和DNA测序技术，检测了线粒体DNA编码区NADH 脱氢酶第4亚基（ND4）

三个位点、ND4L一个位点、第5亚基（ND5）一个位点和第六亚基（ND6）一个位点以

及细胞色素b基因（Cytb）几乎全部序列（分为四个位点）。通过单链构象多态（SSCP）

技术检测了上述位点的多态性，并对各位点的纯合子进行了克隆与测序。

在检测的十个位点中，有七个位点存在多态现象。对四个家驴品种的所有样本的七

个位点都用 Dnasp 4.50.3 进行了遗传多样性的分析。通过对NADH脱氢酶基因的三个位

点按照ND4上游→ND4下游→ND5的顺序依次进行拼接，对这一拼接合并后的序列通过

MEGA 4.0 进行系统发育关系研究，构建系统发育树，发现四个品种家驴群体可分为A

和B两个母系起源。与以前的研究结果相似，本研究也发现所研究的中国家驴品种由两

个世系构成，而且地理分布区域、母系起源与品种之间没有任何关系。经过Network

4.5.0.2对拼接合并后的序列进行网络聚类分析，进一步证明了这一结果。通过对NADH

基因拼接序列进行Tajima 中性检验证明：研究的四个家驴品种的A、B两个世系都没有

经历过群体扩张。对Cytb基因也采用相同的方法进行了处理，将四个位点各自分析后拼

接成一较大的数据再进行单倍型多样性、核苷酸多样性、系统发育关系、网络聚类分析

等分析处理，结果发现：所有的数据聚为两类，与索马里野驴和努比亚野驴的序列分别

聚在一起，所研究的四个家驴品种的母系源头都是这两个世系混在一起共同构成的。对

两个世系都进行了Tajima中性检验，发现二者都未发生过群体扩张。

关键词：家驴；NADH脱氢酶基因；Cytb；遗传多样性；母系起源

目录

中文摘要......... 1

英文摘要......... 2

前言..... 1

第一部分 文献综述... 3

1 我国驴种的分布及生态特点 ......... 3

2 我国马、驴的遗传资源问题 ......... 3

3 驴的起源与驯化..... 5

4 以 mtDNA 为材料研究动物的遗传多样性以及起源分化 ........... 7

5 遗传标记的进展与家驴遗传变异检测 ... 12

第二部分 NADH 基因亚基的研究 . 16

1 试验材料... 16

1.1 实验仪器设备.. 16

1.2 主要实验试剂及工具酶.......... 16

1.3 主要试剂和溶液的配制.......... 17

2 实验方法... 18

2.1DNA 的提取与分离 .... 18

2.2琼脂糖凝胶电泳检测 DNA .... 19

2.3分光光度法检测 DNA 19

2.4DNA 扩增及其扩增产物的电泳检测 19

2.5聚丙烯酰胺凝胶的制备、电泳、染色和图像分析 .. 21

2.6驴 mtDNA 各位点 PCR 产物纯化回收及连接测序.. 21

2.7统计分析.......... 21

3 结果与分析........... 22

3.1 驴基因组 DNA 提取与检测 ... 22

3.2 驴线粒体 DNA ND4 基因(上游)PCR-SSCP 结果和序列分析 ......... 23

3.3 驴 mtDNA 的 ND4 基因(中游)PCR-SSCP 结果........ 24

3.4 驴 mtDNA 的 ND4 基因下游片段 PCR-SSCP 结果和序列分析 ..... 25

3.5 驴 mtDNA 的 ND4L 基因片段 PCR-SSCP 结果....... 26

3.6ND5 基因片段 PCR-SSCP 结果及序列分析 . 27

3.7驴 mtDNA 的 ND6 基因片段 PCR-SSCP 结果 ......... 28

3.8驴 mtDNA 的 NADH 基因片段联合分析...... 29

4 讨论........... 32

4.1关于试验方法.. 32

4.2NADH 基因作为分子遗传标记在驴系统发育关系研究中的讨论.. 34

4.3NADH 脱氢酶亚基基因各片段的遗传多样性及突变分析.. 35

4.4NADH 基因部分未出现多态的片段分析 ..... 36

4.5 数据拼接及由 NADH 基因序列构建系统发育树和网络聚类......... 36

4.6 需要进一步研究和解决的问题 .......... 37

5 小结........... 37

第三部分 Cytb 基因的研究 38

1 试验材料... 38

2 试验方法... 38

2.1试验部分.......... 38

2.2试验数据分析部分...... 38

3 结果与分析........... 38

3.1 驴 Cytb 基因 14300-14574 PCR-SSCP 结果和序列分析 ...... 38

3.2 驴 Cytb 基因 14548-14748 PCR-SSCP 结果和序列分析 ...... 40

3.3 驴 Cytb 基因 14745-15052 PCR-SSCP 结果和序列分析 ...... 41

3.4 驴 Cytb 基因 15051-15412 PCR-SSCP 结果和序列分析 ...... 43

3.5 驴 mtDNA Cytb 基因片段联合分析... 44

4 讨论........... 48

4.1

Cytb 基因各片段的遗传多样性及突变分析 . 48

4.2 数据拼接及由 Cytb 基因序列构建系统发育树和网络聚类. 48

5 小结........... 49

结论... 50

参考文献....... 51

致谢... 56

作者简介....... 57

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• 硕士论文-中国四个家驴品种遗传多样性及分子系统进化研究
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