[硕士论文] 布莱凯特肉牛H-FABP基因的序列测定与序列分析 [复制链接]

资料简介：
硕士论文-布莱凯特肉牛H-FABP基因的序列测定与序列分析，共69页，37341字

摘要

【目的】：

心脏脂肪酸结合蛋白由心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因所编码，主要在畜禽

的心肌、骨骼肌和乳腺中表达。心脏脂肪酸结合蛋白( H-FABP) 基因是肌内脂肪的候选

基因，它能影响肌内脂肪( IMF) 的含量，对牛肉的肉质品质具有重要作用。本试验以布

莱凯特肉牛为研究对象，对其H-FABP基因进行测序和序列分析，为进一步开展布莱凯

特肉牛H-FABP基因与肉质性状的相关分析，进行标记辅助选择及基因定位研究提供理

论基础。

【方法】：

根据GenBank发表的牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）的序列设计13对引物，

分13段扩增出布莱凯特肉牛H-FABP基因，对各个片段进行克隆测序，使用生物信息学

软件对各个片段的测序结果进行拼接，得到布莱凯特肉牛心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)

基因的全序列，同时进行序列分析，并对其基因的分子特性进行预测分析。使用MEGA

4.0软件进行系统进化树的构建。

【结果】：

布莱凯特肉牛的心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因(Genebank登陆号：FJ756345)是

由4个外显子（依次为73bp、173bp、102bp和54bp）和3个内含子（3463bp、1892bp和1494bp）

组成。其核苷酸编码序列(CDS)为402bp, 编码133个氨基酸。布莱凯特肉牛与牦牛、普

通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小鼠和鸡9个物种之间的同源性大小依次为99.3%、99.0%、

96.3%、92.5%、89.8%、88.3%、83.8%、82.8%、75.6%，其氨基酸的同源性为99.2％、

99.2％、96.2％、93.2％、91.7％、88.7％、86.5％、86.5％、77.4％。系统发生树将这些

物种总体上分成2支，鸡为独立的一支，布莱凯特肉牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、

人、大鼠、小鼠为另一独立的大分支。

【结论】：

1. 布莱凯特肉牛的心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因是由 4 个外显子（依次为

73bp、173bp、102bp 和 54bp）和 3 个内含子(3463bp、1892bp 和 1494bp)组成。其核苷

酸编码序列(CDS)为 402bp, 编码 133 个氨基酸。

2. 布莱凯特肉牛与牦牛心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因全序列比较发现有 41

处碱基的变化。并且在内含子部分有碱基的插入 和缺失， 1415、1628、1808、2441

和 3436 各位点后出现了碱基的插入（插入的碱基分别为 T、C、A、A 和 A），852、2444、

7043 位点出现了碱基的缺失（缺失的碱基分别为 A、G、G）。

3.布莱凯特肉牛与牦牛和普通牛相比，在氨基酸序列 50 位处发生了氨基酸的变异，

布莱凯特肉牛为异亮氨酸，牦牛和普通牛为缬氨酸，这是由其编码核苷酸序列 148 处

(G→A)产生的，造成了布莱凯特肉牛与牦牛和普通牛在氨基酸水平上的差异。

4. 分析 10 个物种核苷酸和氨基酸的同源性，分别介于 75.6%-99.3%和 77.4%-99.2%

之间，表明 H-FABP 基因和氨基酸序列保守性较高。系统发生树将这些物种总体上分成

2 支，鸡为独立的一支，布莱凯特肉牛、牦牛、普通牛、山羊、猪、马、人、大鼠、小

鼠为另一独立的大分支，符合物种进化规律。

关键词：布莱凯特肉牛；H-FABP 基因；序列测定；序列分析

目录

中文摘要………Ⅰ

英文摘要………Ⅲ

英文缩写词表…Ⅴ

前言…………… 1

第一部分 文献综述…………3

1 国内外肉牛的研究情况……… 3

1.1 我国肉牛的研究现状………3

1.1.1 我国肉牛业概况…………3

1.1.2 国内肉牛分子遗传育种情况………………4

1.1.3 国内肉牛业存在的一些问题………………5

1.2 国际肉牛业的发展…………6

1.3 布莱凯特肉牛简介…………6

2 脂肪酸结合蛋白的研究进展…7

2.1 脂肪酸结合蛋白的发现……7

2.2 脂肪酸结合蛋白家族概述…7

2.3 脂肪酸结合蛋白的功能和生理性能…………7

3 心脏脂肪酸结合蛋白基因……9

3.1 心 脏脂肪酸结合蛋白基因概述……… 9

3.2 心脏脂肪酸结合蛋白基因及其定位…………9

3.3 心脏脂肪酸结合蛋白基因对肉质的影响……10

3.4 心脏脂肪酸结合蛋白基因研究前景及意义…11

4 生物信息学及其研究现状……11

4.1 生物信息学的概念…………11

4.2 生物信息学的发展简介…12

4.3 生物信息学的研究内容……12

4.3.1基因组学和蛋白组学的研究12

4.3.2 生物数据库和软件的研究13

4.3.3 分子进化和比较基因组的研究……………13

4.4 生物信息学在畜禽基因组研究中的应用……13

4.4.1 结构基因组学在畜禽基因组研究中的应用14

4.4.2 比较基因组学在畜禽基因组研究中的应用15

4.4.3 功能基因组学在畜禽基因组研究中的应用15

试验一 布莱凯特肉牛 H-FABP 基因的扩增……16

1 材料与方法…16

2 结果与分析…20

3 讨论…………23

试验二 目的基因的克隆与序列测定…………26

1 材料与方法…29

2 结果与分析…29

3 讨论…………30

试验三 布莱凯特肉牛 H-FABP 基因的序列分析32

1 材料与方法…32

2 结果与分析…33

3 讨论…………39

结论…………41

参考文献………42

附录……………46

致谢……………54

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