[硕士论文] 山东省猪瘟分子流行病学研究 [复制链接]

资料简介：
硕士论文-山东省猪瘟分子流行病学研究，共68页，25464字

摘要

采用 RT-PCR 技术对来自山东地区共 7 株猪瘟病毒进行 E2 基因的扩增、克隆和测序，

得到长度为 1092 bp 编码 364 个氨基酸的目的基因片段，并分离鉴定了其中的 5 株流行

毒株。

应用 DNAStar 序列分析软件对所测定的 7 株猪瘟病毒 E2 基因与已知序列的 HCLV、

Shimen 毒株的相应片段进行同源性分析比较。结果显示，山东株与 HCLV、Shimen 株的

核苷酸同源性分别为 81.6％～82.3％和 83.4％～84.2％，推定的氨基酸同源性分别为

87.9％～89.6％和 89.3％～90.1％。山东毒株之间核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为

95.3％～99.7％和 96.2％～99.2％。山东的 7 株病毒的 E2 蛋白的 15 个 Cys 位点没变，

可推测 CSFV E2 蛋白在抗原结构方面依然保持很高的稳定性。在具有中和特性的 B、C

区域内 725 位、729 位、734 位和 738 位氨基酸位点发生了变异，这些变异可能导致 E2

蛋白的抗原性发生改变。

将 7 株山东流行毒株与国内外已发表的 18 株 CSFV 相应序列进行比较，并建立遗传

进化树。该遗传树主要分为两大群，山东毒株皆属于基因群 II，但我国的主要参考毒株

HCLV、Shimen 则属于基因群 I，说明山东流行 CSFV 株与 HCLV、Shimen 有很大差异。

根据已发表的猪瘟病毒 Shimen 株、HCLV 株和 Paderborn 株的全基因组序列，设计

并合成 11 对引物，应用 RT-PCR 技术，成功地分 11 个片段扩增了 CSFV 山东流行毒株 SDJN5

的全基因组，并将这 11 个基因片段克隆到 PMD18-T 载体上，测定其核苷酸序列。应用

生物软件 Vector NT1 Suite6 将 11 个基因片段进行拼接，确认 CSFV SDJN5 株全基因组

序列的长度为 12298 个核苷酸。将 CSFV SDJN5 株与国内外已发表的 Shimen、HCLV、39、

Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort、Paderborn、CS、ALD、GPE-、LPC、CF114 毒株

进行全基因组序列和推定的氨基酸序列比较，结果显示，核苷酸同源性分别为 85.3％、

84.5％、88.4％、85.7％、85.6％、85.3％、85.6％、95.2％、85.6％、85.6％、85.4

％、84.2％、85.5％，推导的氨基酸序列同源性分别为 92.6％、91.7％、94.2％、93.1

％、92.9％、92.3％、93.0％、97.7％、92.6％、93.0％、92.6％、90.6％、92.8％。

SDJN5 与 Shimen、HCLV 的全基因组序列及推定的氨基酸序列相比有明显变异，表明 SDJN5

与 Shimen、HCLV 在遗传性和抗原性上存在较大差异。系统发育树分析表明，所比较的

14 株 CSFV 被分为两个群，SDJN5、Paderborn 和 39 这 3 个毒株被归为基因群 II，其余

的 11 个毒株被归为基因群 I，SDJN5 与 Paderborn 的亲缘关系最接近。

关键词：猪瘟病毒，E2 基因，同源性，基因

目 录

目录….........Ⅰ

摘要Ⅴ

文献综述..........1

1CSFV 特性.1

2CSFV 的基因组结构...........2

3CSFV 分子流行病学研究...6

4结语............8

试验部分.........10

1山东省猪瘟野毒株的分离鉴定......10

1.1 材料与方法………..........10

1.1.1 材料.....10

1.1.2 方法.....11

1.2 试验结果分析.....14

1.3讨论……………………………...16

2山东流行猪瘟病毒 E2 基因序列测定及分析.........17

2.1 材料与方法……………….…….....17

2.1.1 材料.....17

2.1.2 方法.....20

2.2试验结果分析.....24

2.3讨论........33

3山东猪瘟流行毒株 SDJN5 全基因组的克隆与序列分析...37

3.1 材料与方法.........37

3.1.1 材料.....37

3.1.2 方法.....38

3.2试验结果分析.....40

3.3讨论........48

结论50

参考文献.........51

致谢....55

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• 硕士论文-山东省猪瘟分子流行病学研究
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